За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перетерпел огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тота, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение.

События происходит через много лет после окончания Mahou Sensei Negima!, где Неги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница - Евангелина МакДауэлл.